Глеб Панфилов родился в 1934 году в Магнитогорске. Его отец был высокопоставленным журналистом, позднее – преподавателем истории партии в Щепкинском театральном училище. Мать – научный сотрудник. Вскоре семья переехала в Свердловск. С юности Панфилов увлекался фотографией. Отслужив в армии, он окончил в 1957 химический факультет Уральского политехнического института и некоторое время готовился связать жизнь с химией. В это же время он женится первый раз.
Будущий режиссер сменил несколько работ: на заводе медпрепаратов, научным сотрудником в НИИ, а затем устроился заведующим отделом пропаганды в Свердловский горком партии. Благодаря этому Панфилов смог создать любительскую киностудию и вскоре снять несколько любительских агитационных фильмов. В 1961 Панфилов вступает в КПСС и идет работать на телевидение, где продолжает делать короткометражные телефильмы.
Параллельно Панфилов заочно оканчивает операторский факультет ВГИКа, чтобы в 1963 приехать в Москву и поступить на Высшие режиссерские курсы. В 1966 он становится штатным режиссером «Ленфильма» и приступает к съемкам картины «В огне брода нет». Написанная Евгением Габриловичем история рассказывала о наделенной художественным даром простой девушке, которая в обстоятельствах Гражданской войны должна потерять все и стать героем. На пробах режиссер встречает Инну Чурикову, ставшую, по его словам идеальным попаданием в образ, и с тех пор снимавшуюся во всех фильмах Панфилова.
Снятый на закате «оттепели» фильм получает международное признание и поражает современников интонацией, с которой режиссер говорит о Гражданской войне. Фильм Панфилова позднее сравнят с прозой Андрея Платонова. Дебютная работа поставила Панфилова в один ряд с самыми важными советскими режиссерами. Вдохновленный, он замышляет фильм об истории Жанны д’Арк, но раз за разом получает отказ от цензурного руководства, не желающего видеть на советском экране французскую революционную героиню.
Следующий снятый фильм, «Начало» (1970), стал новаторской картиной, также замеченной и в СССР, и за границей. Сюжет о фабричной девушке Паше Строгановой перемежается сценами фильма о Жанне д’Арк, которую Пашу позвали играть в кино. Темы таланта и самоотречения, после «В огне брода нет», проявились здесь у Панфилова вновь (а равно проявился неосуществленный замысел фильма об Орлеанской деве).
«…в «Начале» легко и органично соединимы две контрастно противопоставленные друг другу стихии возвышенного и земного — бытовая плоть сюжетного повествования о буднях современной заводской девушки здесь свободно расступается, обнаруживая под своими покровами конструкцию своеобразной философской притчи, высокую поэзию души человеческой», — писал Валерий Фомин.
После выхода «Начала» Панфилов женится на Чуриковой. Меж тем «застойная» эпоха совпадает с эволюцией взглядов режиссера, анализирующего советскую современность. Панфилов снимает фильм «Прошу слова», о женщине-главе города. Елизавета Уварова пытается сочетать советский идеализм, материнскую заботу и непроницаемость аппаратчика, даже столкнувшись с трагедией гибели сына. Как отмечает Евгений Марголит, картина Панфилова отчасти продолжает тему его дебютного фильма о Гражданской войне и оттепельную проблематику в целом. Всерьез живущая идеалами социалистической революции героиня Чуриковой выпадает из жизни, встречает глухое непонимание и на работе, и в семье.
В конце семидесятых годов Панфилов снимает фильм «Тема», о заслуженном советском писателе, переживающем творческий и личностный кризис. Сыгранный Михаилом Ульяновым драматург Ким Есенин демонстрировал нравственную деградацию «официальной» творческой интеллигенции страны. Из-за присутствующего в картине сюжета эмиграции из СССР, она была запрещена к прокату, хотя прошел ее закрытый показ на Московском кинофестивале. В 1987 запрет был снят, и «Тема», показанная в Европе, получила приз Берлинского кинофестиваля.
До этого режиссер снимает камерную мелодраму «Валентина» (по пьесе Александра Вампилова «Прошлым летом в Чулимске»), а затем – «Вассу», по мотивам пьесы Максима Горького. Инна Чурикова вновь получает большую главную роль, как и в следующем фильме Панфилова по Горькому – экранизации «Матери». Между первой и второй лентой прошло семь лет, и вышедшая в 1990 году «Мать» была встречена с недоумением, как несвоевременный фильм. Режиссер пошел «против течения» и вернулся к сюжетам русской революции, а также теме семьи, которую будет разрабатывать в дальнейшем.
В конце 1980-х Панфилов приходит в театр, поставив «Гамлета» в Ленкоме. Как и «Мать», постановка была полна предчувствием новой эпохи. «Панфилов предвидел, что самый индивидуальный герой неизбежно становится человеком толпы. Но прежде — искалечив свою душу... «Гамлет» Панфилова подвел черту, после которой действительно началась другая эпоха — эпоха раскрепощенных действий, сведения счетов с теми, кто нас обманывал и предавал. Эпоха, в которой не оставалось места и — что важнее — времени „томлению духа“», – писала Зара Абдулаева.
Однако все 1990-е годы новых фильмов Панфилова не появляется. Основав киностудию «Вера», режиссер готовит съемки масштабной картины о последнем российском императоре и его родне. Фильм «Романовы. Венценосная семья» вышел в 2000 году. Панфилов, выросший в городе, где семья Николая II была расстреляна, говорил о впечатлении, которое на него еще в детстве произвела история казни, и о необходимости покаяния за преступление революционеров. Фильм акцентировал внимание на судьбе большой семьи, оказавшейся под арестом, и образе Николая – «интеллигента» на престоле. Соавторами Панфилова по сценарию стали его жена и сын Иван.
В 2005 году студия Панфилова выкупает права на экранизацию романа Александра Солженицына «В круге первом». Режиссер снимает многосерийный фильм, ставший первой экранизацией Солженицына в России. Писатель сам создает сценарий по своей книге, утверждает актеров (включая Евгения Миронова, игравшего Нержина, альтер-эго Солженицына) и читает закадровый текст, что придает сериалу документальную атмосферу. Фильм о буднях сталинской «шарашки», где трудятся подневольные ученые, был воспринят в стране как значительное событие. Сериал получил множество теленаград. Панфилов, уже по собственному сценарию, ставит в 2007 также киноверсию романа «В круге первом» под названием «Хранить вечно».
На сегодня последний фильм Панфилова – киноверсия пьесы Александра Островского «Без вины виноватые» 2008 года, вновь фильм о семье, где впервые играет крупную роль сын режиссера Иван. Главные роли исполнили Инна Чурикова и Олег Янковский. Сын режиссера от первого брака, Анатолий, работает кинохудожником, в том числе в фильмах отца.
В 2010-е Панфилов вернулся к театральной режиссуре, поставив в Ленкоме спектакли «Аквитанская львица» (по пьесе «Лев зимой» Джеймса Гольдмена) и «Ложь во спасение».
Осенью 2017 режиссер подписал поручительство за Кирилла Серебренникова по «делу Седьмой студии». Среди планов, о которых упоминал Панфилов – экранизация рассказа Солженицына «Один день Ивана Денисовича».
Андрей Гореликов